Trong nhiều năm, FPT IS đã phát triển những phần mềm nhắm đến đối tượng khách hàng là các doanh nghiệp. Những phần mềm ứng dụng mà FPT IS cung cấp đang phát huy tác dụng, phục vụ hiệu quả hoạt động kinh doanh, quản lý của doanh nghiệp. Trong đó tiêu biểu là phần mềm FPT.iHRP – Phần mềm quản trị nhân sự tiền lương – đang được ứng dụng tại trên 50 doanh nghiệp của Việt Nam